Позиционирование модели
Added by Evgeny Kalishenko about 1 year ago
В процессе реализации алгоритма расположения додекаэдра внутри пентафрагмента возник ряд вопросов:
- Из объяснения поворота: "Вращение происходит таким образом, что приводит к сближению между полярной группой боковой цепи
и С=О-группой пентафрагмента, при этом полярная группа будет вблизи вершины додекаэдра"- Что такое полярная группа и если её нет, то что лучше считать в таких аминокислотах точной приложения "силы" отталкивания/притяжения?
- Какой именно атом полярной группы брать за основу? Или брать некую среднюю точку на прямой, соединяющей атомы? Проще говоря "за что лучше тянуть аминокислоту"?
- С=0 имеется в виду i-4 элемент?
- Насколько правдоподобно предположение: боковые цепи неполярных аминокислот никогда не "притягиваются" к соотв. вершинам додекаэдра (то есть отталкиваются)?
Replies (4)
RE: Позиционирование модели - Added by Evgeny Kalishenko about 1 year ago
- Ответы:
- Полярная группа - это группа способная к образованию Н-связи. Степень полярности у групп весьма разная. Может лучше использовать термин - группы, способные к образованию Н-связей. Хочу отметить, что помимо групп, содержащих ГЕТЕРОАТОМЫ (N, O)), связанные с атомом С, есть один вариант - С в шестичленном цикле фенилаланина. Он тоже может образовывать Н-связи. Это может быть любой атом углерода в этом цикле, но чаще - правый или левый ближайшие к основанию цикла (связи с "ножкой)
- Для полярных групп использовать атом, способый к образованию Н-связи. С-ОН Ser, Thr, C-SH Cys, О-С=ОН Asp, Glu (может быть в двух положеиях), O=C-NH Asn, Gln, C-NH Lys, N-C=NH Arg (вся группировка), С-ОН Tyr
- Да
- Да, это почти так. Кроме Phe, о котором я выше писал
RE: Позиционирование модели - Added by Evgeny Kalishenko about 1 year ago
- Для точного передвижения боковых цепей нужно знать для всех аминокислот за какой именно атом нужно "тянуть", можно определить такой атом для каждой аминокислоты?
- Какие есть идеи касаемо поворота додекаэдра по отношению к боковой цепи в процессе построения белка? (мы говорили о центре окружности, образовавшейся при пересечения 2 сфер)
RE: Позиционирование модели - Added by Evgeny Kalishenko about 1 year ago
- Нет проблем. Это те терминальные атомы каждой из боковых цепей, которые способны к образованию Н-связей с С+О-группой i-4-го альфа-атома:
- C-OH - Ser, Thr
- C-S - Cys (C-S Met скорее образует Н-связь с NH i-го альфа атома)
- С-ОН- Asp, Glu.
- C-NH - Asn, Gln
- C-NH - Lys,
- C-NH Arg (там несколько таких атомов и любой может образовать Н-связь - см. рис. 8ю34 на стр.232 моей книги)
- C-OH - Tyr
- C-NH - His, Trp (эти атомы входят в циклы)
- C-CH Phe ('это атомы, ближние к центральному углероду цикла, связанному с "ножкой")
- Для построения полной структуры "додекаэра" на основе пересечения сфер достаточно начать с одной боковой цепи, например Ser, затем центральную точку окружности, которая образовалась в результате пересечения двух сфер нужно зафиксировать и дальше все сферы для каждой боковой цепи формировать относительно первой
RE: Позиционирование модели - Added by Vladimir Karasev about 1 year ago
Евгений, привет!
Высылаю обещанный файл с разрешение 1,0 ангстрем и brf-файл. Пришлось повозиться, поскольку специальные программы для изготовления этих файлов уже не работают. т.к. очень давно писались. Кроме того высылаю файл .gen, он также текстовый (для нахождения ссылки на ген - на основе его получался файл .dnk, из которого с помощью программы получают brf-файл).
Желаю успеха в реализации Ваших планов.
В.А.
(1-4/4)