Разработка системы топологического моделирования структуры белковых молекул (Eng. Development of a system for modelling protein molecules topological structure)¶
Краткое описание: http://osll.spb.ru/projects/osll/wiki/_D_Kalishenko2009_
Цель: Доработка и реализация алгоритма синтеза белков по информации, закодированной в ДНК
Задачи:
- Реализация алгоритма топологического моделирования белковых молекул (молекулярная векторная машина)
- Разработка подсистемы визуализации моделирования топологической структуры
- Анализ результатов моделирования
- Доработка алгоритма на основе результатов анализа
Анализ предметной области¶
- Процесс синтеза белка
- Молекулярно-векторная машина
- Форматы представления данных
- МВМ как компилятор языка ДНК
Архитектура системы¶
- Основные модули и их назначение
- Используемые сторонние разработки
- Потоки данных
- Варианты работы
- Обучение
- Визуализация
Материалы для ознакомления¶
- Домашняя страница автора принципов топологического кодирования структуры белков
- Главы книги В.А.Карасев, В.В. Лучинин "Введение в конструирование бионических наносистем", М: "Физматлит", 2009. гл. 8 - стр. 175-240, гл. 9 - стр.241-289, описывающие принципы молекулярно-векторной машины: Глава 8 Глава 9
- DNA and knot theory
Материалы, связанные с Bioclipse и Jmol¶
- Bioclipse IRC channel: #bioclipse на irc.freenode.net; logs: http://colabti.org/irclogger/irclogger_logs/bioclipse
- Interactive Jmol scripting documentation: http://chemapps.stolaf.edu/jmol/docs/
- IMolecule в cdk и Bioclipse